| Finale | ||||
| 20.05.2009 | 20:45 | Schachtjor Donezk | Werder Bremen | 2:1 n.V. |
| Halbfinale, Rückspiele | ||||
| 07.05.2009 | 18:30 | Schachtjor Donezk | Dynamo Kiew | 2:1 |
| 07.05.2009 | 20:45 | Hamburger SV | Werder Bremen | 2:3 |
| Halbfinale, Hinspiele | ||||
| 30.04.2009 | 20:45 | Werder Bremen | Hamburger SV | 0:1 |
| 30.04.2009 | 18:30 | Dynamo Kiew | Schachtjor Donezk | 1:1 |
| Viertelfinale, Rückspiele | ||||
| 16.04.2009 | 18.30 | Dynamo Kiew | Paris Saint-Germain | 3:0 |
| 16.04.2009 | 20.45 | Udinese Calcio | Werder Bremen | 3:3 |
| 16.04.2009 | 20.45 | Olympique Marseille | Schachtjor Donezk | 1:2 |
| 16.04.2009 | 20.45 | Manchester City | Hamburger SV | 2:1 |
| Viertelfinale Hinspiele | ||||
| 09.04.2009 | 20.45 | Hamburger SV | Manchester City | 3:1 |
| 09.04.2009 | 20.45 | Paris Saint-Germain | Dynamo Kiew | 0:0 |
| 09.04.2009 | 18.30 | FC Shakhtar Donezk | Olympique Marseille | 2:0 |
| 09.04.2009 | 20.45 | Werder Bremen | Udinese Calcio | 3:1 |
| Achtelfinale Hinspiele | |||
| 12.03.2009 | Werder Bremen | AS Saint-Etienne | 1:0 |
| 12.03.2009 | ZSKA Moskau | Schachtjor Donezk | 1:0 |
| 12.03.2009 | Udinese Calcio | Zenit St. Petersburg | 2:0 |
| 12.03.2009 | Paris Saint-Germain | Sporting Braga | 0:0 |
| 12.03.2009 | Dynamo Kiew | Metalist Charkow | 1:0 |
| 12.03.2009 | Manchester City | Aalborg BK | 2:0 |
| 12.03.2009 | Hamburger SV | Galatasaray Istanbul | 1:1 |
| 12.03.2009 | Olympique Marseille | Ajax Amsterdam | 2:1 |
| 3. Runde, Rückrunde (26.02.2009) | ||||
| 26.02.2009 | 18.00 | Metalist Charkow | Sampdoria Genua | 2:0 |
| 26.02.2009 | 18.00 | ZSKA Moskau | Aston Villa | 2:0 |
| 26.02.2009 | 18.15 | Hamburger SV | NEC Nijmegen | 1:0 |
| 26.02.2009 | 18.30 | Twente Enschede | Olympique Marseille | 6:8 |
| 26.02.2009 | 19.00 | VfL Wolfsburg | Paris Saint-Germain | 1:3 |
| 26.02.2009 | 19.30 | Galatasaray Istanbul | Girondins Bordeaux | 4:3 |
| 26.02.2009 | 20.45 | Manchester City | FC Kopenhagen | 2:1 |
| 26.02.2009 | 20.45 | Standard Lüttich | Sporting Braga | 1:1 |
| 26.02.2009 | 20.45 | Udinese Calcio | Lech Posen | 2:1 |
| 26.02.2009 | 20.45 | Ajax Amsterdam | AC Florenz | 1:1 |
| 26.02.2009 | 20.45 | AC Mailand | Werder Bremen | 2:2 |
| 26.02.2009 | 20.45 | VfB Stuttgart | Zenit St. Petersburg | 1:2 |
| 26.02.2009 | 20.55 | AS Saint-Etienne | Olympiakos Piräus | 2:1 |
| 26.02.2009 | 21.00 | Deportivo La Coruna | Aalborg BK | 1:3 |
| 26.02.2009 | 21.00 | Tottenham Hotspur | Schachtjor Donezk | 1:1 |
| 26.02.2009 | 21.30 | FC Valencia | Dynamo Kiew | 2:2 |
| 3. Runde (18./19.02.) | ||||
| 18.02.2009 | 18.00 | Dynamo Kiew | FC Valencia | 1:1 (0:1) |
| 18.02.2009 | 18.15 | Zenit St. Petersburg | VfB Stuttgart | 2:1 (2:1) |
| 18.02.2009 | 18.30 | Olympiakos Piräus | AS Saint-Etienne | 1:3 (0:2) |
| 18.02.2009 | 20.00 | Aston Villa | ZSKA Moskau | 1:1 (0:1) |
| 18.02.2009 | 20.35 | Werder Bremen | AC Mailand | 1:1 (0:1) |
| 18.02.2009 | 20.45 | Paris Saint-Germain | VfL Wolfsburg | 2:0 (0:0) |
| 18.02.2009 | 20.45 | NEC Nijmegen | Hamburger SV | 0:3 (0:2) |
| 18.02.2009 | 20.45 | Sampdoria Genua | Metalist Charkow | 0:1 (0:1) |
| 18.02.2009 | 20.45 | Girondins Bordeaux | Galatasaray Istanbul | 0:0 (0:0) |
| 18.02.2009 | 21.00 | Aalborg BK | Deportivo La Coruna | 3:0 (0:0) |
| 18.02.2009 | 21.45 | Sporting Braga | Standard Lüttich | 3:0 (2:0) |
| 19.02.2009 | 18.00 | Lech Posen | Udinese Calcio | 2:2 (0:0) |
| 19.02.2009 | 19.45 | Schachtjor Donezk | Tottenham Hotspur | 2:0 (0:0) |
| 19.02.2009 | 20.05 | FC Kopenhagen | Manchester City | 2:2 (0:1) |
| 19.02.2009 | 20.45 | AC Florenz | Ajax Amsterdam | 0:1 (0:0) |
| 19.02.2009 | 20.45 | Olympique Marseille | Twente Enschede | 0:1 (0:1) |
| Gruppe A | ||
| 1. Spieltag (23. Oktober 2008) | ||
| FC Schalke 04 | FC Paris St.-Germain | 3:1 |
| FC Twente Enschede | Racing Santander | 1:0 |
| 2. Spieltag (6. November 2008) | ||
| Manchester City | FC Twente Enschede | 3:2 |
| Racing Santander | FC Schalke 04 | 1:1 |
| 3. Spieltag (27. November 2008) | ||
| FC Schalke 04 | Manchester City | 0:2 |
| FC Paris St.-Germain | Racing Santander | 2:2 |
| 4. Spieltag (3. Dezember 2008) | ||
| Manchester City | FC Paris St.-Germain | 0:0 |
| FC Twente Enschede | FC Schalke 04 | 2:1 |
| 5. Spieltag (18. Dezember 2008) | ||
| Racing Santander | Manchester City | 3:1 |
| FC Paris St.-Germain | FC Twente Enschede | 4:0 |
| Gruppe B | ||
| 1. Spieltag (23. Oktober 2008) | ||
| Hertha BSC Berlin | Benfica Lissabon | 1:1 |
| Galatasaray Istanbul | Olympiakos Piräus | 1:0 |
| 2. Spieltag (6. November 2008) | ||
| Benfica Lissabon | Galatasaray Istanbul | 0:2 |
| Metalist Kharkov | Hertha BSC Berlin | 0:0 |
| 3. Spieltag (27. November 2008) | ||
| Olympiakos Piräus | Benfica Lissabon | 5:1 |
| Galatasaray Istanbul | Metalist Kharkov | 0:1 |
| 4. Spieltag (3. Dezember 2008) | ||
| Hertha BSC Berlin | Galatasaray Istanbul | 0:1 |
| Metalist Kharkov | Olympiakos Piräus | 1:0 |
| 5. Spieltag (18. Dezember 2008) | ||
| Olympiakos Piräus | Hertha BSC Berlin | 4:0 |
| Benfica Lissabon | Metalist Kharkov | 0:1 |
| Gruppe C | ||
| 1. Spieltag (23. Oktober 2008) | ||
| FC Sevilla | VfB Stuttgart | 2:0 |
| Partizan Belgrad | Sampdoria Genua | 1:2 |
| 2. Spieltag (6. November 2008) | ||
| Standard Lüttich | FC Sevilla | 1:0 |
| VfB Stuttgart | Partizan Belgrad | 2:0 |
| 3. Spieltag (27. November 2008) | ||
| Sampdoria Genua | VfB Stuttgart | 1:1 |
| Partizan Belgrad | Standard Lüttich | 0:1 |
| 4. Spieltag (3. Dezember 2008) | ||
| FC Sevilla | Partizan Belgrad | 3:0 |
| Standard Lüttich | Sampdoria Genua | 3:0 |
| 5. Spieltag (18. Dezember 2008) | ||
| Sampdoria Genua | FC Sevilla | 1:0 |
| VfB Stuttgart | Standard Lüttich | 3:0 |
| Gruppe D | ||
| 1. Spieltag (23. Oktober 2008) | ||
| Udinese Calcio | Tottenham Hotspur | 2:0 |
| Dinamo Zagreb | NEC Nijmegen | 3:2 |
| 2. Spieltag (6. November 2008) | ||
| Spartak Moskau | Udinese Calcio | 1:2 |
| Tottenham Hotspur | Dinamo Zagreb | 4:0 |
| 3. Spieltag (27. November 2008) | ||
| Dinamo Zagreb | Spartak Moskau | 0:1 |
| NEC Nijmegen | Tottenham Hotspur | 0:1 |
| 4. Spieltag (3. Dezember 2008) | ||
| Udinese Calcio | Dinamo Zagreb | 2:1 |
| Spartak Moskau | NEC Nijmegen | 1:2 |
| 5. Spieltag (18. Dezember 2008) | ||
| Tottenham Hotspur | Spartak Moskau | 2:2 |
| NEC Nijmegen | Udinese Calcio | 2:0 |
| Gruppe E | ||
| 1. Spieltag (23. Oktober 2008) | ||
| SC Heerenveen | AC Mailand | 1:3 |
| Sporting Braga | FC Portsmouth | 3:0 |
| 2. Spieltag (6. November 2008) | ||
| VfL Wolfsburg | SC Heerenveen | 5:1 |
| AC Mailand | Sporting Braga | 1:0 |
| 3. Spieltag (27. November 2008) | ||
| Sporting Braga | VfL Wolfsburg | 2:3 |
| FC Portsmouth | AC Mailand | 2:2 |
| 4. Spieltag (4. Dezember 2008) | ||
| SC Heerenveen | Sporting Braga | 1:2 |
| VfL Wolfsburg | FC Portsmouth | 3:2 |
| 5. Spieltag (17. Dezember 2008) | ||
| AC Mailand | VfL Wolfsburg | 2:2 |
| FC Portsmouth | SC Heerenveen | 3:0 |
| Gruppe F | ||
| 1. Spieltag (23. Oktober 2008) | ||
| Aston Villa | Ajax Amsterdam | 2:1 |
| MSK Zilina | Hamburger SV | 1:2 |
| 2. Spieltag (6. November 2008) | ||
| Slavia Prag | Aston Villa | 0:1 |
| Ajax Amsterdam | MSK Zilina | 1:0 |
| 3. Spieltag (27. November 2008) | ||
| Hamburger SV | Ajax Amsterdam | 0:1 |
| MSK Zilina | Slavia Prag | 0:0 |
| 4. Spieltag (4. Dezember 2008) | ||
| Slavia Prag | Hamburger SV | 0:2 |
| Aston Villa | MSK Zilina | 1:2 |
| 5. Spieltag (17. Dezember 2008) | ||
| Ajax Amsterdam | Slavia Prag | 2:2 |
| Hamburger SV | Aston Villa | 3:1 |
| Gruppe G | ||
| 1. Spieltag (23. Oktober 2008) | ||
| Rosenborg Trondheim | FC Brügge | 0:0 |
| FC Kopenhagen | AS St.-Etienne | 1:3 |
| 2. Spieltag (6. November 2008) | ||
| FC Valencia | FC Kopenhagen | 1:1 |
| AS St.-Etienne | Rosenborg Trondheim | 3:0 |
| 3. Spieltag (27. November 2008) | ||
| Rosenborg Trondheim | FC Valencia | 0:4 |
| FC Brügge | AS St.-Etienne | 1:1 |
| 4. Spieltag (4. Dezember 2008) | ||
| FC Valencia | FC Brügge | 1:1 |
| FC Kopenhagen | Rosenborg Trondheim | 1:1 |
| 5. Spieltag (17. Dezember 2008) | ||
| FC Brügge | FC Kopenhagen | 0:1 |
| AS St.-Etienne | FC Valencia | 2:2 |
| Gruppe H | ||
| 1. Spieltag (23. Oktober 2008) | ||
| ZSKA Moskau | Deportivo La Coruna | 3:0 |
| AS Nancy | Feyenoord Rotterdam | 3:0 |
| 2. Spieltag (6. November 2008) | ||
| Feyenoord Rotterdam | ZSKA Moskau | 1:3 |
| Lech Poznan | AS Nancy | 2:2 |
| 3. Spieltag (27. November 2008) | ||
| ZSKA Moskau | Lech Poznan | 2:1 |
| Deportivo La Coruna | Feyenoord Rotterdam | 3:0 |
| 4. Spieltag (4. Dezember 2008) | ||
| AS Nancy | ZSKA Moskau | 3:4 |
| Lech Poznan | Deportivo La Coruna | 1:1 |
| 5. Spieltag (17. Dezember 2008) | ||
| Deportivo La Coruna | AS Nancy | 1:0 |
| Feyenoord Rotterdam | Lech Poznan | 0:1 |
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